电影《航母伊吹》时间设定在20XX年，世界进入航母时代，日本遭遇不明国籍的军事力量袭击，西岛秀俊饰演的主人公航母伊吹的舰长秋津龙太，与佐佐木藏之介饰演的副舰长新波岁也一起共同面对紧张的局势。
哥斯拉突然从海底出现，于东海村登陆将市内的建筑物及发电厂完全破坏，虽然自队向哥斯拉展开猛烈攻击，但却完全阻止不了它前进。另一方面，危机管理情报局的官博士于茨城县的海沟发现直径200米的古代陨石，後来陨石内的有机物质与哥斯拉相遇并自我进化成巨大怪兽奥加，而哥斯拉就与奥加在西新宿展开一场生死战。
